Mit unnachgiebiger Härte befehligte er die Rankweiler Schützen bei der Verteidigung des Margarethenkapfs in Altenstadt. Etwas später war er auch am erfolgreichen österreichischen Angriff auf den Luziensteig beteiligt. 1800 wurde er zum Hauptmann der Rankweiler Schützen gewählt. 1809 hatte Nachbauer maßgeblichen Anteil an der Organisation des Vorarlberger Aufstandes gegen die Bayern. Nachdem er in führender Stellung an der Einnahme Lindaus mitgewirkt hatte, wurde er am 5.6.1809 vom Landtag gemeinsam mit sieben anderen Majoren mit der Führung der Landesverteidiger betraut. Nach der Niederwerfung des Aufstandes entzog er sich durch Flucht in die Schweiz der Verhaftung durch die Franzosen, die ein Kopfgeld von 1.000 Gulden auf ihn ausgesetzt hatten. Von dort begab er sich nach Tirol und versuchte vergeblich, Andreas Hofer zur Mithilfe bei der Planung einer neuerlichen Erhebung der Vorarlberger zu überreden. Am 10. November 1809 kehrte er nach Vorarlberg zurück und wurde trotz vorangegangener Amnestie verhaftet.

Am 23. Dezember wurde er wieder freigelassen, durfte aber fortan weder ein öffentliches Amt bekleiden noch seinen angestammten Beruf als Lehrer ausüben. Als bei den bayerischen Behörden Gerüchte über die Vorbereitung eines neuerlichen Aufstandes der Vorarlberger kolportiert wurden, wurde Nachbauer in der Nacht vom 3. auf den 4. April 1813 abermals verhaftet und zusammen mit anderen Geiseln zunächst nach München, später nach Ingolstadt in Festungshaft gebracht. Er erkrankte in der Gefangenschaft und starb am 25. Oktober 1813, als seine Freilassung unmittelbar bevorstand.
W.Sch.