Bereits am 25. September 1516 hatte der junge Vorarlberger Theologe Bartholomäus Bernhardi aus Schlins unter der Leitung Martin Luthers von ihm selbst verfasste Thesen in einer öffentlichen Disputation verteidigt. Dabei hatte sich Bernhardi eng an Luthers theologische Vorstellungen angelehnt, insbesondere an die in dessen Römerbrief-Vorlesung aufgestellte These, dass der Mensch unfähig sei, die göttlichen Gebote ohne die Gnade Gottes zu erfüllen. Die Disputation Bernhardis zwang die Wittenberger Theologen, Stellung zu beziehen. Im Vorfeld des Thesenanschlags von 1517 stellte diese Disputation des Vorarlberger Theologen daher einen wesentlichen Schritt in Richtung auf die Reformation dar. Bartholomäus Bernhardi wurde aber noch in einer anderen Hinsicht zu einem Wegbereiter der Reformation: Er war der erste protestantische Priester, der mit dem Zölibat brach und bereits 1521 heiratete, wobei Martin Luther (dieser verehelichte sich erst 1525) und der Herzog von Sachsen als Trauzeugen fungierten. Bernhardi verteidigte in einer mehrfach gedruckten Schrift "Dass die Priester Eeweyber nehmen mögen" die Priesterehe auch wissenschaftlich; dieses Buch wurde ins Lateinische, Französische und Englische übersetzt.

Bartholomäus Bernhardi war nicht der einzige Vorarlberger im Umkreis Luthers. Sein Bruder Johannes Bernhardi († 1534) wirkte in Wittenberg als Professor für Physik und Rhetorik; er galt als einer der Lieblingsschüler Luthers. Von ihm stammten einige im Unterricht viel verwendete Lehrbücher zur Rhetorik. Er versuchte auch unter dem Pseudonym "Hans Walser zum Roten Brunnen" die Reformation in einer populären Schrift in seiner Heimat zu verteidigen. Der Feldkircher Johannes Döltsch († 1523) stand Luthers Theologie so nahe, dass 1520 auch sein Name in die gegen Luther gerichtete Bannandrohungsbulle des Papstes aufgenommen wurde. Der Feldkircher Jodok Mörlin, 1516 Dekan der Wittenberger Artistenfakultät, wurde 1517/ 18 auserwählt, ein Pädagogium zu leiten, an dem "die knaben und junge studenten im anfang der dreier vornehmsten sprach, der lateinischen, jüdischen und kriechischen, und der grammatica" zu unterweisen waren.

Zu diesem Kreis der Wittenberger gehörte auch der aus Lindau gebürtige Achilles Pirmin Gasser (1505–1577), später Stadtarzt in Feldkirch, der in Wittenberg studiert und in den Anfängen der Reformation verbotene lutherische Schriften nach Feldkirch eingeschmuggelt hatte. Gasser brachte seinen reformatorischen Eifer auch dadurch zum Ausdruck, dass er seinen Sohn auf den Namen "Luther" taufen ließ, wie er auch in seinen Schriften von "Sancto Luthero", dem heiligen Luther, spricht.

Einige der Wittenberger Studenten suchten in der Vorarlberger Geistlichkeit im Sinn der Reformation zu wirken. Zu ihnen gehörten Luzius Matt als Pfarrer in Dalaas und Thomas Gassner als Kaplan im Dominikanerinnenkloster St. Peter in Bludenz. Auch in diesem Kloster wurden 1524 eifrig die Schriften Luthers gelesen. Die Regierung in Innsbruck unterdrückte jedoch sehr bald diese Sympathien für die Reformation. Luzius Matt und Thomas Gassner wurden verbannt, viele andere Theologen ebenso; insgesamt dürften es 30 Vorarlberger Priester gewesen sein, die nur mehr außerhalb des Landes wirken konnten (wobei diese Zahl in Relation zu den damals 30.000 Einwohnern des Landes zu setzen ist). Thomas Gassner wurde der Reformator der Reichsstadt Lindau, wo er von dem Feldkircher Jeremias Lins sowie von den Bregenzern Sigmund Rötlin und Johannes Mock unterstützt wurde; die Lindauer Reformation war demnach fest in Vorarlberger Händen.

Andere Vorarlberger Theologen gingen in die Schweiz, wo sie sich meist der Lehre Zwinglis zuwandten: Luzius Matt in Zürich, Regensdorf und Höngg, Kaspar Ammann aus Bludenz in Katharinental bei Schaffhausen, die Bregenzer Jakob Grötsch und Peter Brem in Stein am Rhein bzw. in Zofingen, Münchenstein, Oltingen und Allschwil. In Graubünden, dessen Reformator Johannes Commander († 1557) mütterlicherseits aus Nüziders stammte, wirkten Leonhard Sailer in Splügen und Jakob Spreiter, zuerst Kaplan in Gaschurn, im Prätigau.

Andere wanderten ins Elsass aus: Otto Binder aus Bludenz wurde der Reformator der Reichsstadt Mülhausen; Luzius Kyber aus Bludenz reformierte die Stadt Gengenbach in Baden und ging später nach Straßburg, wo auch sein Landsmann Jakob Bedrot für die Reformation wirkte. Schließlich ist noch der Feldkircher Thomas Gehauff (Venatorius) zu nennen, der in Nürnberg und dann in Rothenburg ob der Tauber als Reformator tätig war.

Auch viele Laien mussten damals wegen ihres Bekenntnisses zur Reformation das Land verlassen. Viele gingen wohl nach Zürich, das Glaubensflüchtlingen demonstrativ Asyl gewährte. 1525 wechselte sogar der Landammann von Lingenau, Heinrich Bertsch, zum Luthertum über und ging in die Verbannung nach Württemberg, wo sein Sohn Kilian Bertsch als Hofgerichtsrat und Vizekanzler des Herzogs eine ungewöhnliche Beamtenkarriere machte.

Besonders heftigen Verfolgungen waren auch die Wiedertäufer ausgesetzt, die in der Gemeinde Au im Bregenzerwald einen Schwerpunkt hatten. Mehrere Wiedertäufer wurden hingerichtet, andere gingen in die Verbannung nach Mähren. Noch 1617/18 kam es in Vorarlberg zur Vertreibung und zu Hinrichtungen von Wiedertäufern. Die Gegenreformation, deren Exponenten im Lande die Grafen von Hohenems waren, unterdrückte erbarmungslos jede reformatorische Regung. In Vorarlberg war kein Platz für Protestanten. Die heimischen Gesetze gingen aber noch weit darüber hinaus: Sie verboten den Besuch protestantischer Universitäten und untersagten den vielen Landsleuten, die als Saisonarbeiter in die Fremde gingen, bei evangelischen Dienstherren Arbeit zu suchen. K.H.B.